소노코의 초대로 하치조지마에 고래 관광을 하러 온 코난 일행과 소년 탐정단.
오키야 스바루 로부터 코난에게 걸려온 한통의 전화 "유로폴 직원이 독일에서 진에게 살해되었다!"
심상치 않게 여긴 코난은 퍼시픽부이 경비를 서고 있던 쿠로다 효우에 등
경시청 관계자들이 타는 경비정에 몰래 들어가 시설 안으로 잠입.
그 후, 시스템 가동을 향해서 착착 준비가 진행되고 있는 시설 내에서,
한 여성 엔지니어가 검은 조직에 납치되는 사건이 발생…!
게다가 그녀가 가지고 있던, 어떤 정보를 기록하는 USB가 조직의 손에 넘어가 버린다….

바닷속에서 소름끼치게 윙윙거리는 스크류 소리.
그리고 하치조지마에 숙박하고 있던
하이바라 곁에도 검은 그림자가 살며시 다가오는데…